Done with this Python script:

import subprocess

po_files = [
    'ab.po',
    'an.po',
    'as.po',
    'ast.po',
    'be.po',
    'bg.po',
    'bn_IN.po',
    'bs.po',
    'ca.po',
    'ca@valencia.po',
    'cs.po',
    'da.po',
    'de.po',
    'el.po',
    'en_CA.po',
    'en_GB.po',
    'eo.po',
    'es.po',
    'et.po',
    'eu.po',
    'fa.po',
    'fi.po',
    'fr.po',
    'fur.po',
    'ga.po',
    'gd.po',
    'gl.po',
    'gu.po',
    'he.po',
    'hi.po',
    'hr.po',
    'hu.po',
    'id.po',
    'is.po',
    'it.po',
    'ja.po',
    'kk.po',
    'km.po',
    'kn.po',
    'ko.po',
    'lt.po',
    'lv.po',
    'ml.po',
    'mr.po',
    'ms.po',
    'nb.po',
    'ne.po',
    'nl.po',
    'oc.po',
    'or.po',
    'pa.po',
    'pl.po',
    'pt_BR.po',
    'pt.po',
    'ro.po',
    'ru.po',
    'sk.po',
    'sl.po',
    'sq.po',
    'sr@latin.po',
    'sr.po',
    'sv.po',
    'ta.po',
    'te.po',
    'tg.po',
    'tr.po',
    'ug.po',
    'uk.po',
    'uz@cyrillic.po',
    'vi.po',
    'zh_CN.po',
    'zh_HK.po',
    'zh_TW.po',
]

atk_po_files = [
    'af.po',
    'am.po',
    'an.po',
    'ar.po',
    'as.po',
    'ast.po',
    'az.po',
    'be@latin.po',
    'be.po',
    'bg.po',
    'bn_IN.po',
    'bn.po',
    'bs.po',
    'ca.po',
    'ca@valencia.po',
    'ckb.po',
    'cs.po',
    'cy.po',
    'da.po',
    'de.po',
    'dz.po',
    'el.po',
    'en_CA.po',
    'en_GB.po',
    'en@shaw.po',
    'eo.po',
    'es.po',
    'et.po',
    'eu.po',
    'fa.po',
    'fi.po',
    'fr.po',
    'fur.po',
    'ga.po',
    'gd.po',
    'gl.po',
    'gu.po',
    'he.po',
    'hi.po',
    'hr.po',
    'hu.po',
    'hy.po',
    'id.po',
    'is.po',
    'it.po',
    'ja.po',
    'ka.po',
    'kk.po',
    'km.po',
    'kn.po',
    'ko.po',
    'ku.po',
    'li.po',
    'lt.po',
    'lv.po',
    'mai.po',
    'mk.po',
    'ml.po',
    'mn.po',
    'mr.po',
    'ms.po',
    'nb.po',
    'ne.po',
    'nl.po',
    'nn.po',
    'oc.po',
    'or.po',
    'pa.po',
    'pl.po',
    'ps.po',
    'pt_BR.po',
    'pt.po',
    'ro.po',
    'ru.po',
    'rw.po',
    'si.po',
    'sk.po',
    'sl.po',
    'sq.po',
    'sr@ije.po',
    'sr@latin.po',
    'sr.po',
    'sv.po',
    'ta.po',
    'te.po',
    'tg.po',
    'th.po',
    'tk.po',
    'tr.po',
    'tt.po',
    'ug.po',
    'uk.po',
    'vi.po',
    'wa.po',
    'xh.po',
    'yi.po',
    'zh_CN.po',
    'zh_HK.po',
    'zh_TW.po',
    'zu.po',
]

def merge(name):
    po_filename = 'po/' + name
    atk_po_filename = 'atk-po/' + name
    output_filename = 'merged-po/' + name
    print(f"merging {po_filename}, {atk_po_filename}")
    subprocess.run(['msgcat', '-o', output_filename, po_filename, atk_po_filename], check=True)

def copy(source_dir, name):
    source = source_dir + '/' + name
    output = 'merged-po/' + name
    print(f"copying {source}")
    subprocess.run(['cp', source, output], check=True)

for po in po_files:
    if po in atk_po_files:
        merge(po)
    else:
        copy('po', po)

for atk in atk_po_files:
    if atk in po_files:
        pass
    else:
        copy('atk-po', atk)